云南有河流800多条，主要河流180多条，分别汇入长江、珠江、红河、澜沧江、怒江、伊洛瓦底江六大水系，水运发展潜力巨大。主要河流长14200余公里，可开发航运里程约9000公里。其中，具有航运开发价值的主要河流63条，尤其是澜沧江－湄公河、元江－红河以及伊洛瓦底江3条河流，在国际长途水运或联运方面极具开发价值。

　　新中国成立后，特别是改革开放以来，云南水运迎来了振兴、发展的春天。1981年，开通了当时中国内河航运最长的航线，即从云南水富经四川、湖北、湖南、江西、安徽，到达江苏南通港，全程2800多公里。近年来，云南水运以澜沧江－湄公河国际航运为突破口，实现了对外开放合作的重大突破。1990年9月，云南景洪－老挝万象航线载货试航，结束了这条国际河流不能通航的历史。2000年，中老缅泰签订四国通航协定，2001年，四国举行正式通航仪式，澜沧江－湄公河国际航线揭开了新的一页。从事澜沧江国际航运的中国籍运输船舶已从8艘增加到98艘，总载重吨位达到9152吨；水上运输企业也从1家发展到38家，还有15艘船舶在老挝或缅甸注册从事跨国运输。老缅泰也有100多艘船舶在上湄公河开展水路运输，繁荣的国际航运格局已经开始形成。预计到2010年，这条水路的货运量和客运量将分别达到150万吨和40万人次的规模。目前，云南内河航道总里程2764公里，其中等级航道1994公里，占总里程的12％；湖区航道270公里，库区航道629公里；全省拥有水上运输船舶1188艘，净载重量5.8万吨，载客量2.5万客位。

　　加快水运发展是当前云南在交通建设中的一项紧要任务。随着中国—东盟自由贸易区建设和西部大开发战略的实施，以及大湄公河次区域经济合作、与南亚地区合作的深入推进，云南的地缘、区位优势日益凸显，为云南水运尤其是国际水运的发展开启了新的机遇，也提出了新的要求。上世纪末，云南提出“把云南建设成中国通往南亚、东南亚国际大通道”的战略决策，在抓好公路、铁路、航空建设的同时，确立了以“两出省”、“三出境”通道建设为重点，加快水运设施建设发展，逐步实现境内水系与长江三角洲、珠江三角洲地区对接，并将西南地区与东南亚连为一体的水运发展思路。

　　"两出省"水运通道：一是金沙江水运通道。目前，金沙江下段已经拥有1000吨级船舶，云南境内主要是抓好水富港及千吨级向家坝通航设施建设、水富－宜宾航道改造和金沙江千公里梯级航道改造，提高通航能力。二是右江水运通道。这是珠江水系航运规划的西南水运出海通道的南线通道。目前，南宁至广州854公里航道已达三级航道标准，通行1000吨级船舶。近期百色枢纽、那吉枢纽建成后，通过水库径流调节及下游航道整治，百色至南宁355公里河段可达三级航道标准，通航1000吨级船舶。云南境内主要是抓好富宁港等港口、码头建设和航道整治。

　　"三出境"水运通道：一是澜沧江－湄公河国际水运通道。澜沧江－湄公河自北向南流经中国、老挝、缅甸、泰国、柬埔寨、越南6国，全长4880公里，长度列世界大河第六位，在国际河流中仅次于亚马逊河、尼罗河名列第三位。开发澜沧江－湄公河，是沿岸各国的共同愿望，是一条经济黄金水道。目前，中国境内段景洪至中缅边界为五级航道，可通航300吨级船舶；境外段常年通航200-300吨级船舶。近期年通航能力可达600万吨。二是中越红河水运通道。红河航运更始于秦汉时期，明清盛极一时，民国初年尚有"大船三百，小船千艘，往来如蚁"的繁盛。目前，红河航运从河口沿红河到越南海防，航程486公里，有望成为云南最便捷、最近的一条水陆联运出海通道。云南境内段可通行20吨级船舶；境外越南段可通行100-700吨级船舶。年通过能力可达100万吨以上。三是中缅陆水联运通道。伊洛瓦底江发源于喜马拉雅山麓，经云南进入缅甸汇入恩梅开江，往南与迈立开江汇合后合称伊洛瓦底江，全长2200公里，其中中国境内171公里