东北地区：绿色有机农业在东北地区发展具有先天的资源优势，该地区土壤质量结构较好、生物种类丰富、农业机械化程度较高、原生态保护较为完善、距离出海口较近，再加上振兴东北战略带来的政策优势，随着东北以有机大豆、有机大米等核心农产品的国际化发展，东北的微生物肥料必将在粮食增产需求、无公害农业发展、农民意识不断提高的基础上获得快速的发展。

华南地区：纵观华南地区的微生物肥料市场来看，该地区的农林牧渔行业地区差异巨大，广东的第一产业已经步入相对萎缩阶段，主要农林牧渔产品产量增长下降较快，广东的生物农业发展也不理想，微生物肥料在该省的市场前景较为暗淡；相反，广西作为农业经济占很大比重的省份，以有机茶、无公害蔬菜为代表的现代科技农业的发展前景良好，政府支持力度非常大，是华南地区微生物肥料市场主要的市场需求。海南作为中国最南端，其粮食作物产量很小，然而其他的经济作物如糖蔗占国内很大比重，借助有机农业协会的成立必将有更多的有机农产品得到认证，下游的需求将带旺对微生物肥料的需求。从微生物肥料的市场规模来看，2006年该地区的微生物肥料的消费量约为6.45万吨，2008年消费量增长到了8.26万吨，预计随着广西海南两省区有机农业的发展，微生物肥料的消费量将得到提升，预计2015年该地区微生物肥料的消费量将增长到17.5万吨左右。